Seit dem Jahr 2001 wird das Vorkommen des Fischotters in Thüringen jährlich kartiert. Das Monitoring begann in wenigen ausgewählten Bereichen, mittlerweile werden ca. 2/3 der Landesfläche regelmäßig untersucht. So konnte die Entwicklung der Verbreitung und die Wiederbesiedlung sehr gut dokumentiert werden.

Es gibt keine einfache feldbiologische Methode, um Fischotter zu zählen. In Europa wird daher relativ einheitlich eine Erfassungsmethode angewendet, die überregional eine Vergleichbarkeit der Nachweisdichte ermöglicht. Mit dieser Methode können größere Regionen relativ schnell und zuverlässig auf das Vorkommen von Fischottern überprüft werden.

Hierfür werden pro 10 x 10 km Quadrat 4 Probestellen festgelegt. Das Quadrat wird in 4 Quadranten (5 x 5 km) unterteilt. In jedem Quadrant sollte eine Probestelle vorhanden sein. Diese Probestellen werden auf Anwesenheit des Otters untersucht. Als sichere Nachweise gelten dabei nur Losung und Trittsiegel. Fraßreste und Wechsel sind zu unspezifisch und werden nicht gewertet. Findet man am Startpunkt keine Nachweise, sollten weitere 600 m des Gewässers abgesucht werden. Diese Vorgabe wird in Thüringen nicht angewendet, hier werden lediglich die festgelegten Punkte (meist Brücken) abgesucht.

Die Untersuchungen finden im Winterhalbjahr statt, da in diesem Zeitraum die Aktivität und Markierungshäufigkeit ansteigt.