Fischotter sind in Mitteleuropa in erster Linie dämmerungs- und nachtaktiv. Sie streifen dann oft weit umher. Belegt sind Strecken von 3 bis 25 km pro Nacht. Dabei zeigen sich vor allem junge Rüden als wanderfreudig. Es können mehrere Kilometer über Land zurückgelegt werden, auch über Wasserscheiden hinweg.
Die Größe des Streifgebietes ist von mehreren Faktoren, vor allem dem Nahrungsangebot sowie dem Alter und Geschlecht des Tieres abhängig. Reviergrößen zwischen 0,6 bis 2,7 km² oder 5 bis hin zu 90 (!) km eines Flusslaufes sind möglich. Die Rüden besetzen prinzipiell größere Reviere. Die Streifgebiete der Fähen liegen innerhalb der Gebiete des Männchen. Genutzt werden alle Arten von Gewässern: Meeresküste, Flüsse jeglicher Größe, kleine Bäche, Gräben, Seen, Teiche und auch sehr stark ausgebaute und naturferne Bereiche. Entgegen vieler Behauptungen ist der Fischotter kein Anzeiger für intakte Natur und sauberes Wasser. Er hält sich auch keineswegs nur an größeren Gewässern auf, in denen er tauchen kann.
Der Fischotter nutzt bis zu 50 Ruheplätze in seinem Streifgebiet. Selten werden Höhlen und Baue selbst angelegt, meist versteckt er sich tagsüber in vorhandenen Strukturen. Dies können Holzstapel, Reisighaufen, Wurzelüberhänge, Drainagerohre oder Baue anderer Tiere sein. Die Entfernung beträgt bis zu 300 m vom Gewässer. Die meisten Tagesverstecke werden täglich gewechselt. Auch die Nutzung von Verstecken in der Nähe menschlicher Siedlungen oder z. B. in Kanalisationsrohren ist nachgewiesen. Wurfbaue sind demgegenüber deutlich versteckter angelegt und liegen in sehr ruhigen und störungsfreien Bereichen. Sie sind von außen kaum zu entdecken.
Der Lebensraum eines Fischotters besteht demnach aus Bereichen, in denen er Nahrung sucht, wo er sich ausruhen kann und sich fortpflanzt. Im Streifgebiet gibt es bestimmte Stellen, wo er mit seiner Losung Informationen für Artgenossen hinterlässt. Die Losungsplätze sind meist auffällig (große Steine, Wurzeln, Sandbänke, unter Brücken usw.), damit auch andere Fischotter die Markierung schnell bemerken.
