Obwohl die Bestände aktuell zunehmen, ist der Fischotter nach wie vor eine gefährdete Art. Die Beeinträchtigungen sind dabei vielfältig. Neben generellen und eher auf die gesamte Population wirkenden Faktoren gibt es auch direkte Todesursachen.

Zu den allgemeinen Gefährdungen zählen in erster Linie Nahrungsmangel und Lebensrumverlust. Noch immer ist der Flächenverbrauch für menschliche Bedürfnisse in Deutschland hoch und dies betrifft auch Fließgewässerlebensräume. Vielerorts nehmen zudem die Fischbestände dramatisch ab. Dies zwingt den Fischotter teilweise zum Ausweichen auf Standgewässer, was wiederum den Konflikt befeuert. Die Gründe für den Rückgang der Fischbestände sind vielfältig: strukturelle Defizite, Verlust von Aue, Beeinträchtigung durch Schadstoffe aus Kläranlagen und Landwirtschaft, Eintrag von Feinmaterial (und dadurch Verblockung des wichtigen Kieslückensystems), Klimawandel mit Niedrigwasserphasen und hohen Wassertemperaturen, Einfluss von Besatz und Prädatoren.

Inwieweit der Fischotter selbst durch Schadstoffe belastet ist und welchen Einfluss das hat, ist aktuell Gegenstand von Forschungen. Der Rückgang der Otterpopulationen in der Mitte des 20 Jahrhundert war vermutlich auch auf den Einfluss von PCB (Polychlorierte Biphenyle) zurückzuführen. Dies ist eine teils hochgiftige Stoffgruppe, die industriell in vielen Bereichen eingesetzt wurde, mittlerweile aber in offenen Kreisläufen verboten ist. Vermutlich haben diese Stoffe einen Einfluss auf die Reproduktion von Marderartigen. Der Nachweis von PCB in der Umwelt ist rückläufig, aber noch kommen teils erhöhte Konzentrationen in Fischen vor. Ein Einfluss auf den Otter ist also immer noch nicht auszuschließen. Inwieweit beim Fischotter auch weitere Schadstoffgruppen (z. B. Rodentizide) eine Rolle spielen, wird derzeit intensiv untersucht.

Neben natürlichen Faktoren wie Alter, Krankheiten, Parasiten etc. gibt es auch eine ganze Reihe von menschengemachten Todesursachen beim Fischotter. Der mit Abstand wichtigste Faktor ist der Straßenverkehr. Von den in Thüringen tot aufgefundenen Fischottern waren fast alle überfahren worden. Weitere „menschengemachte“ Todesursachen sind das Ertrinken in Reusen, illegale Tötung, Tötung von Jungottern durch freilaufende Hunde und das Verenden in Fallen (die für andere Arten aufgestellt wurden).