Fischotter werden mit ca. 1-3 Jahren geschlechtsreif. Der Zeitpunkt ist auch abhängig von ihrer Kondition. Bei schlechtem Ernährungszustand ist die Geschlechtsreife hinausgezögert. Zur Paarungszeit bleiben Rüde und Fähe ein paar Tage zusammen und spielen und jagen gemeinsam. Rüden können beträchtliche Strecken, auch über Land zurücklegen, um paarungsbereite Weibchen aufzusuchen. Obwohl es eine Hauptranzzeit im zeitigen Frühjahr zu geben scheint, sind Würfe das ganze Jahr über möglich. Die Tragzeit beträgt ungefähr 60-63 Tage. Es werden zwischen 1 und 4 Junge, sehr selten 5, geboren. Die jungen Fischotter kommen in einem möglichst gut versteckten und hochwasserfreien Wurfbau zur Welt. Ca. 3 Wochen bleibt die Fähe fast die ganze Zeit bei ihnen und verlässt nur kurz zum Beutefangen das Nest. Danach bleibt sie zunehmend länger draußen. Mit ca. 8 Wochen verlassen die Jungen erstmals den Bau. Nun beginnt der “sportliche” Teil, denn junge Fischotter können anfangs durchaus etwas wasserscheu sein. Mit sanftem Druck werden sie ans Wasser gewöhnt. Durch ihr flauschiges Fell können sie anfangs noch nicht richtig tauchen und gleichen eher kleinen Korken.
Die Fähe übernimmt allein die Jungenaufzucht. Die Familien bleiben anfangs sehr eng zusammen. Bleibt ein Junges zurück, wird es gerufen oder gesucht und wieder zurückgebracht. Nach und nach werden die Welpen selbstständiger und die Abstände zur Mutter können größer werden. Die Jungen bleiben ca. ein Jahr bei ihrer Mutter, dann werden sie selbstständig und wandern oft eine Weile umher. Entweder finden sie in der Nähe ein freies Revier oder sie wandern nach einer Zeit des Umherstreifens dauerhaft ab. Wildkamerabeobachtungen legen die Vermutung nahe, dass die Gruppe aus Fähe und Jungtieren kurz vor dem selbstständig werden besonders weit umherstreifen. Sie sind dann in ihrem angestammten Gebiet kaum noch anzutreffen. Die Jungensterblichkeit ist beim Fischotter hoch. 50 % der Jungotter erreichen nicht das Alter von 12 Monaten. Es herrscht Uneinigkeit darüber, ob sich die Rüden den Familien gegenüber aggressiv verhalten, es gar zu einem Töten von Welpen kommt oder nicht. Im Projekt “Modellregion Weiße Elster” wurden eher neutrale oder freundschaftliche Kontakte beobachtet. In einem Fall war der Rüde mit der Familie unterwegs, wurde aber von der Fähe immer wieder von einem näheren Kontakt mit dem Welpen abgehalten. Eine vermutlich sehr seltene Videoaufnahme zeigt einen erwachsenen Rüden, der ausgelassen mit einem Jungtier spielt.
